2020년 9월 서해에서 북한군의 총격으로 사망한 공무원 이대준씨 유족이 8일 이씨 피살 당시 청와대 관계장관회의 직후 관련 군사기밀 47건이 군 정보망에서 삭제된 의혹과 관련, 서욱 전 국방부 장관과 이영철 전 합동참모본부 정보본부장을 서울중앙지검에 고발했다. 이에 따라 검찰 수사가 문재인 청와대, 국가정보원에 이어 군(軍)으로 확대되고 있다.
서울중앙지검 공공수사1부는 지난 6일 국정원의 고발에 따라 박지원 전 국정원장의 ‘서해 공무원 첩보 보고서 삭제’ 혐의를 수사 중이다. 박 전 원장은 고 이대준씨가 ‘대한민국 공무원이다. 구조해달라’는 취지로 북한군에 말한 감청 내용을 보고서에서 무단 삭제했다는 의혹을 받고 있다. ‘월북’이 아닌 ‘표류’로 볼 수 있는 단서를 고의로 없앴다는 것이다. 이씨 유족은 박 전 원장에 대한 ‘구속 요청서’도 검찰에 냈다. 이에 대해 박 전 원장은 언론 인터뷰에서 “내가 보고서 삭제를 지시했다면 국정원 메인 서버에 삭제를 지시한 날도 들어가고 보고서도 남는다”고 말했다. 이에 따라 검찰이 사실 확인을 위해 국정원 메인 서버 압수 수색을 검토 중인 것으로 알려졌다. 군 정보망인 군사통합정보처리체계(MIMS)에서 이대준씨 피살 관련 기밀이 삭제된 의혹도 공공수사1부에 배당됐다. 군 정보망도 검찰의 압수 수색 대상이 될 수 있다. 서울중앙지검은 2017~2018년 이명박 정부 국정원·군 등의 댓글 조작 사건 수사 당시 문 정권의 ‘적폐 청산 TF’에서 국정원·군 서버 자료를 넘겨받는 방식으로 사실상 압수 수색을 한 바 있다.
서훈 전 국정원장이 2019년 11월 귀순 어민에 대한 합동 조사를 강제로 조기 종료한 혐의로 고발된 사건도 서울중앙지검 공공수사3부가 수사하고 있다. 당시 북한 어민들이 합동 조사에서 귀순 의사를 수차례 밝혔지만 정부는 ‘진정성이 없다’며 어민들을 북송했다. 검찰 관계자는 “전직 국정원장, 국방장관 등으로 수사 범위가 넓어지면서 특별수사팀을 만들어 집중 수사할 필요성이 제기되고 있다”고 말했다.