각 당 대선 후보들은 외국어고·자사고에 대한 의견도 갈렸다. 문재인 더불어민주당 후보는 "외고·자사고 신설을 금지하고 '재지정'을 하지 않는 방식으로 일반고로 단계적으로 전환할 것"이라고 밝혔다. 사실상 외고·자사고를 폐지하겠다는 것이다. 심상정 정의당 후보도 "외고·자사고·국제고를 폐지하겠다"고 밝혔다.
두 후보는 "외고·자사고가 설립 취지에 맞지 않게 운영된다"는 생각이다. 예를 들어 외고는 외국어 능력을 갖춘 국제 인재를 키우는 것이 설립 목적인데, 오히려 대입 성적을 높이는 데 몰두하는 교육과정을 운영하는 등 파행 운영하고 있다는 것이다.
반면 안철수 국민의당 후보는 "외고·자사고 폐지는 시기상조"라고 주장한다. 다만 "외고·자사고 선발권을 박탈하고 추첨으로 학생을 뽑도록 하겠다"고 밝혔다. 안 후보 캠프의 채이배 의원(정책실장)은 "외고·자사고가 우선 선발권을 행사하기 때문에 중3 학생들이 입시 경쟁을 벌이고 있다"면서 "추첨을 통해 외고·자사고 학생을 뽑고, 여기에서 떨어지면 정원이 미달한 일반고로 보내는 방안을 검토 중"이라고 말했다.
유승민 바른정당 후보도 안 후보 쪽과 비슷한 의견을 전해왔다. 민현주 캠프 선대위 대변인은 "모든 학교가 같은 시기에 학생을 모집하고, 정원을 초과한 학교는 추첨을 통해 선발하도록 하면 자연스럽게 자사고와 외고는 폐지될 것"이라고 말했다. 과학고는 설립 취지를 살릴 수 있도록 유도한다는 답변이 많았다. 문재인 캠프 측은 "과학고·예술고는 (외고·자사고와는 달리) 전문 분야에 특화된 기능을 수행하고 있다"고 했고, 안철수 캠프 측도 "과학고는 일반 고교에서 학업 능력이 뛰어난 학생들을 1~2년 단위로 위탁받아 교육하는 형태로 유지한다"는 방침이다.
교육 전문가들 사이에선 외고·자사고 완전 폐지에 대해서는 회의적 의견도 많다. 임성호 종로학원 하늘교육 대표는 "대입이 학생부종합전형, 내신 비중 확대 등으로 바뀌어서 외고·자사고 인기가 요즘은 오히려 떨어지는 추세"라면서 "대원외고 등 일부 학교가 대입 성적이 뛰어나다고 해서 모든 외고·자사고를 고교 서열화 주범으로 지목하는 것은 문제"라고 말했다.
