국내에서 동성애 문제에 대해서는 천주교 보다는 개신교계가 강력하게 반대하고 있다. 국내 개신교계 주요 교단은 대부분 동성애를 ‘죄’로 규정하고 있다. “사람을 남자와 여자로 구분하고 이들의 거룩한 결합인 가정을 통해 생육하고 번성할 것을 명한 하나님의 창조질서를 거스르는 것”이라는 이유에서다. 동성애를 반대하는 개신교계 인사들은 “동성애자를 차별·혐오하지 않아야 하며 포용해야 한다는 점은 동의한다. 그러나 동성애를 찬성하고 옹호하는 것은 다른 문제”라는 입장이다. 이런 이유로 ‘동성애를 지지하거나 옹호하는 사람’은 교회의 직원, 신학대 교수와 교직원이 될 수 없다는 규정을 둔 교단도 있다. 동성애자의 신학대 입학을 금지하는 경우도 있다.
국회에서 수차례 추진된 ‘포괄적 차별 금지법’ 입법에 대해 개신교계가 강력 반대하는 이유도 핵심은 동성애 문제다. 개신교 30여 주요 교단이 참여하는 단체인 한국교회총연합(한교총)은 동성애 문제가 거론될 때마다 반대 입장을 피력해왔다. 개신교계는 포괄적 차별금지법은 표면적으로는 소수자에 대한 인권 보호 등을 표방하고 있지만 실제 내용은 동성애 합법화를 목표로 하고 있다는 의구심을 갖고 있다. 한교총은 지난 2월 서울고등법원이 동성 커플이라는 이유로 가입자 배우자의 건강보험 피부양 자격을 박탈한 국민건강보험공단의 처분은 부당하다는 판결을 내렸을 때에도 비판 성명을 냈다. 한교총은 당시 “이 사안은 동성 커플에게 피부양자 자격을 인정할 것인가 라는 단순한 문제를 넘어 우리 사회가 동성혼을 법적으로 인정할 것인가 하는 근본적인 질문에 귀결된다”고 밝혔다.
최근 기독교대한감리회(감리교)는 퀴어축제에서 동성 커플에 대해 축복식을 열었다는 이유로 이동환 목사에 대해 교단에서 내쫓는 가장 강력한 처벌인 ‘출교(黜敎)’ 처분을 내려 논란이 벌어지기도 했다. 출교 처분의 근거는 감리교의 헌법 격인 ‘교리와 장정’ 제3조 8항이다. 이 조항은 ‘동성애를 찬성하거나 동조하는 행위’를 금지하고 있다. 이를 어기면 정직, 면직, 출교 등 중징계를 할 수 있도록 돼있다.