이번 ‘제주 간첩단’ 혐의 수사 이전의 간첩단 사건은 2021년 8월로 거슬러 올라간다. 당시 공안 당국은 ‘자주통일 충북동지회’ 조직원 3명을 간첩 활동 혐의(국가보안법 위반)로 구속했다. 이들은 2017년부터 북한 공작원과 지령문·보고문 84건을 암호화 파일 형태로 주고받으며 충북 지역 정치인, 노동·시민단체 인사 60여 명에 대한 포섭 활동을 벌인 혐의를 받았다. 이 사건 수사는 국가정보원이 주도했는데 검찰 단계로 넘어간 뒤엔 대검찰청이 청주지검의 검사 파견 요청을 거부하는 등 ‘수사 축소’ 논란이 일기도 했다. 문재인 정부는 ‘국정원 개혁’을 한다며 국정원의 대공 수사권을 없애는 법안을 2020년 12월 국회에서 통과시켰다.
자유민주연구원(원장 유동열)이 국회·국가정보원 자료 등을 취합한 통계에 따르면 문재인 정부 시절엔 간첩 수사가 거의 이뤄지지 않았던 것으로 조사됐다. 2011~2017년 간첩 적발 건수는 26건으로 연간 4건 이상인데 2017~2020년엔 전체 3명으로 줄었다. 이마저도 박근혜 정부 시절 혐의를 인지해 수사 중이던 간첩 사건들이라고 한다. 2021년 당시 군사안보지원사령부(현 국군방첩사령부)가 국회에 제출한 자료에 따르면 2011~2016년 총 48명의 국가보안법 위반자를 검거해 군과 검찰에 송치했지만 문재인 정부 시기인 2017~2020년에는 단 한 건도 송치하지 않았다.
방첩 기관 관계자는 “간첩 혐의를 증거로 적발하려면 오랜 노하우가 필요하고 수년간 돈과 인력을 투입해야 할 때도 많다”며 “올해 국정원의 대공 수사권이 완전히 경찰로 넘어가면 (간첩) 수사 역량이 떨어지지 않을까 걱정”이라고 했다. 문재인 정부가 간첩 수사에 미온적이면서 국정원과 국가안보지원사령부(옛 기무사령부) 등 대공 수사팀의 사기가 많이 떨어진 상태라는 지적도 나온다. 윤석열 정부 출범 이후 방첩 당국이 국가보안법 위반 혐의 등에 대한 수사를 재개한 것으로 알려졌다.