5일 실시한 코로나 확진·격리자 사전 투표 과정에서 기표 투표용지를 선거인이 제대로 관리하지 못해 큰 혼란이 일었다. 확진·격리자들이 기표한 투표용지를 직접 투표함에 넣는 대신 선거 사무원들이 투표용지를 수거하면서 일부 유권자는 “직접·비밀투표 원칙에 위배된다”고 항의했다. 일부 투표소에선 바구니 등에 투표용지를 담아 운반하면서 “학교 반장, 동네 이장 선거도 이렇게 하지 않는다”는 반발이 이어졌다. 여야는 중앙선거관리위원회를 항의 방문했다. 선관위는 “투표 관리에 미흡함이 있었지만 부정 소지는 절대 없다”며 7일 긴급 회의를 열어 9일 본투표 대책을 마련하기로 했다. 문재인 대통령은 6일 이번 논란에 대해 “유감”이라며 “선관위가 경위를 설명해야 한다”고 했다.
확진·격리자들은 5일 오후 5시부터 외출 허가를 받고, 전국 사전 투표소를 찾아 임시 기표소에서 투표했다. 일부 투표소에선 참관인이 없는 상황에서 선거 사무원이 확진자가 기표한 투표용지를 비닐봉지나 라면 상자, 소쿠리 등에 담아 운반하고, 이미 기표한 투표용지를 내주는 일도 있었다. 대한변호사협회는 성명을 내고 “직접·비밀투표라는 민주주의 원칙을 무시한 사태”라고 했다.
이번 사전 투표율은 총선거인 4419만7692명 가운데 1632만3602명이 참여해 역대 최고치인 36.93%를 기록했다. 그러나 확진·격리자 투표 관리 부실 사태로 중앙선관위의 선거 관리 역량과 공정성에 대해 불신이 커지고 있다
여야는 “예견된 참사”라며 중앙선관위를 항의 방문했다. 더불어민주당 이재명 후보는 “9일 본투표에선 혼선이 재발하지 않도록 철저히 조치해야 한다”고 했다. 국민의힘 윤석열 후보는 “사전 투표 부정 의혹을 가진 보수층에 대한 분열책 아닌가 싶다. 압도적으로 이겨놓고 따지자”고 했다. 여야는 선거 부정 의혹은 제기하지 않았지만, 근소한 차이로 당락이 갈릴 경우 확진·격리자 사전 투표 문제가 시빗거리가 될 수 있다는 관측도 나온다. 선관위는 5일 투표에 참여한 확진·격리자 사전 투표율을 따로 집계하지 않는 등 정확한 규모도 파악하지 못한 것으로 알려졌다.