환경부 '블랙리스트'를 보고받은 단서가 드러난 김은경 전 환경부 장관은 지난해 경질 과정에서 흑산공항 문제로 본인이 청와대 특감반의 표적이 됐다는 의혹도 제기된 상태다. 청와대 특감반 출신 김태우 전 검찰 수사관은 최근 "작년 9월 이인걸 전 특감반장 등이 '김은경 환경부 장관이 흑산도 공항 건설을 반대하니 즉시 사표를 받아야 한다. 김은경 장관에 대한 감찰보고서를 써라'고 지시했다"고 주장했다.
흑산공항 사업은 전남 신안군 흑산도에 1833억원을 들여 50명 정도가 탈 수 있는 항공기가 뜨고 내릴 수 있는 소형 공항을 짓는 것이다. 이명박 정부 시절인 2009년부터 추진돼 2013년 예비 타당성 조사까지 통과했지만, 이후 환경부 국립공원위원회의 국립공원계획 변경 심의를 통과하지 못해 속도를 내지 못하고 있다. 국립공원위는 박근혜 정부 시절인 2016년 11월 국토부의 국립공원계획 변경 신청을 '보류'시켰다. 다도해해상국립공원의 일부인 흑산도에 공항을 건설하기 위해서는 국립공원계획을 변경해야 한다.
문재인 정부에서는 지역 균형 발전 등을 고려해 사업 추진이 빨라질 것으로 예상됐지만, 환경단체 대표 출신인 김 전 장관은 "환경 보호 대책이 미진하다"는 입장이었다. 김 전 장관이 흑산공항 건설에 반대 입장을 고수하면서 김현미 국토교통부 장관 등 여권 인사들과 갈등이 있었던 것으로 알려졌다. 전남지사 출신인 이낙연 국무총리가 임명되면서 공항 건설에 대한 기대감을 키웠던 흑산도 주민들의 실망감도 커졌다.
국립공원위는 국토부가 2017년 7월과 2018년 2월 두 차례 보완해 낸 국립공원계획 변경 신청서를 통과시켜 주지 않았다. 환경부는 2017년 9월 국토부를 상대로 철새뿐 아니라 나무, 곤충, 해양 생물 등에 미치는 영향을 분석하고, 보호 대책까지 마련하라고 요구했다. 경제성까지 문제 삼자 국토부에서는 "기획재정부도 아니면서 딴지를 거느냐"는 반응이 나왔다. 흑산공항은 예비 타당성 조사에서 B/C(비용 대비 효용)가 4.38로 나왔다. 투입한 비용의 4배가 넘는 경제적 효과를 볼 수 있는 사업이라는 뜻이다. 국토부 관계자는 "흑산공항 건설은 정부 내 협의를 통해 추진해왔고 반드시 필요한 사업인 만큼 계속 추진해 나가겠다"고 밝혔다.